元代的穆斯林，不再像唐宋时期那样，只限于分布在京师及海陆交通干线的商业城市。他们不仅数量极多，而且社会成分非常复杂：除一部分来华贸易的商人外，更大量的则是回回军士、炮手、工匠、贫穷百姓以及已经归附了蒙古贵族的回回达官司贵人和学术之士。他们被编入“探马赤军”，参加了蒙古贵族征服全中国一战争，被派遣到全国各地去驻防和屯，因此不可能集中聚集在某一个或几个城市和地区，而是形成“元时回回启遍天下”的局面。从北方到南方，从内地到边疆，从农村到城镇，到处都有回回人定居。这些以四海为家的回回人，将伊斯兰教带到了全国各地。
这时的穆斯林，不再像唐时期那样，基本上不参与中国的政治活动。作为色目人的主要成分，回回人的政治地位仅次于蒙古人，高于汉人和南人，地法律上，在科举、仕宦、荫叙、刑罚及私蓄兵马等各方面，都能得到比较优越的待遇。有很多回回人在中央和地方政府任重要行政长官。据《元史。百官志》等文献记载，京内外各主要机关都设置有回回橡史、回回令史、回回通事、回回书写等官额。元代回回人任中央及地方政府丞相、平章政事等重要职务的，多达49人，在地方基层政权机构中任达鲁花赤的人就更多了。赛典赤瞻思丁、奕赫抵雅尔丁、阿合马、买述丁、伯笃鲁丁、苫思丁、怯烈等人都是名噪一时的政治人物。
这时的伊斯兰教，不再像唐宋时期那样，被视为化外宗教且全不明了其性质。元代伊斯兰教与当时中国所存在的佛、道、基督等宗教同受统治者的重视，伊斯兰教的学者赋役的特权。中央曾两度设立“回回掌教哈的所”，一次是在至大四年（1311）以前，加一次是在皇庆元年（1312）十二月至致和元年（1328）八月。“哈的”，阿拉拍语，意为法官司，掌管伊斯兰教法的人。虽然致和元年八月回回掌教哈的所被明令罢免，诸哈的大师止令掌教念经，但在此之前穆斯林之间的词讼纠纷，确实曾由伊斯兰教法官司哈的管理。这种管理法，唐宋时期虽也存在，但那不过仅限于通商口岸蕃坊内部，元代的回回掌教哈的所却是管理中国境内所有的伊斯兰教徒了。对于回回掌教哈的率众念经，为国祈神福，元统治者是十分欣赏的。据《世界征服者史》记载，伊斯兰教历650年（1252）开斋节，宗教大法官扎马鲁丁马全木主持祈祷，为皇帝祝寿，蒙哥汗以金银及贵重布帛数车赐之，并于此日大赦，遣使至各地，命尽释狱中之囚。元代统治者对于伊勘探兰教本身，也颇为重视。有的蒙古宗王，如镇守唐兀的阿难答，不仅率所部15万士卒皈依了伊斯兰教，而且信仰非常坚定，终日在礼拜寺中诵读《古兰经》，书写阿拉伯经文，命蒙古儿童遵依伊斯兰教法会割礼，并在军中宣传伊斯兰教，即使因此激起帝怒，他也不悔。另据《甘宁青史略》卷13记载：“凡进士赐出身者，须别通回回教。”这种优越的待遇，在唐宋时期是从未有过的。
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